Relativno mala alokacija bespovratnih sredstava iz EU fondova u odnosu na pripremljene poduzetničke projekte, kao i objektivno dugi rokovi ocjenjivanja projektnih prijava, nagnala je poduzetnike da kombiniraju dvije prethodno spomenute mjere na istom projektu. Konkretno, poduzetnik bi projektnu dokumentaciju za svoju investiciju predao na natječaj za dobivanje bespovratne potpore iz EU fondova te bi zatim dokumentaciju za tu istu (ili malo proširenu) investiciju predao u Ministarstvo gospodarstva, poduzetništva i obrta tražeći odobrenje za korištenje potpora u obliku smanjenja stope poreza na dobit ili potpunog oslobođenja plaćanja iste. Pitanje koje se ovdje postavlja je da li se u ovakvom primjeru radi o dvostrukom financiranju, u momentu kada poduzetnik dobije pozitivnu odluku za obje svoje prijave. Članovi HUP Udruge profesionalaca za fondove EU (HUP EUPRO) su mišljenja da se u ovom slučaju nikako ne radi o dvostrukom financiranju istih prihvatljivih troškova. Naime, u trenutku primanja pozitivne Odluke o financiranju sredstvima EU fondova poduzetniku je konkretno predmetna potpora dodijeljena, dok kod Zakona o poticanju ulaganja poduzetnik dobiva samo potvrdu da ispunjava uvjete za korištenje poreznih poticaja, a samo korištenje poticaja ovisi o budućem ispunjenju zadanih uvjeta. Drugim riječima, poduzetnik mora najprije investirati da bi u sljedećem fiskalnom razdoblju mogao koristiti porezne poticaje. U praksi se počelo događati da se kod evaluacije projektne prijave za eu sufinanciranje, poduzetnički projekti eliminiraju kao neprihvatljivi jer u trenutku predaje imaju tek potvrdu za moguće korištenje olakšica temeljem Zakona o poticanju ulaganja. Zbog navedenog, HUP smatra da se poduzetnicima ne smije stavljati ograničenje u trenutku prijave za potporu već da se tek u slučaju konzumiranja potpore iz jednog od navedenih izvora jednostavno treba poništiti druga (još ne realizirana) prijava tj. zahtjev. Pogotovo što treba imati na umu činjenicu kako sama prijava za bespovratna sredstva iz EU fondova ujedno ne znači i zagarantirano dobivanje EU sufinanciranja kao što i traženje poreznih olakšica ne znači da će iste biti i realizirane. U slučaju korištenja porezne potpore temeljem Zakona o poticanju ulaganja, poduzetnik koji je do 30.04. tekuće godine bio dužan podnijeti izvješće o izvršenom ulaganju te ako je za cijelo ili dio izvršenog ulaganja koristio neke druge potpore (npr. iz EU fondova), nema pravo koristiti porezne poticaje ili se iznos poreznih poticaja umanjuje za već dobivenu potporu. Upravo je to kontrolni mehanizam kojim se osigurava da ne dođe do dvostrukog financiranja istih prihvatljivih troškova. Ne smije se penalizirati poduzetnike zbog iskaza interesa za oba instrumenta, već sustav mora primjenjivati kontrolni mehanizam da se može konzumirati samo jedna potpora/porezna olakšica.