Skupština je najviše tijelo upravljanja radom i poslovanjem Udruge. Skupština Udruge: donosi Statut Udruge, njegove izmjene i dopune, te druge opće akte određene ovim Statutom, utvrđuje opću politiku rada i djelovanja, te donosi temeljne odrednice za program rada, razmatra i zauzima stajalište o izvješćima tijela Udruge u skladu s odredbama ovoga Statuta, odlučuje o prestanku rada Udruge, donosi Poslovnik o svom radu. Skupština Udruge bira članove Udruge za predstavnike u Skupštini Hrvatske udruge poslodavaca sukladno Statutu HUP-a. Skupštinu Udruge sačinjavaju svi članove Udruge. Izvršni odbor je kolektivno tijelo upravljanja svakodnevnim radom i poslovanjem Udruge. Izvršni odbor Udruge posebice je ovlašten: imenovati i opozvati vještake i zastupnike, nadzirati rad koordinacija Udruge, odlučiti o isključenju s rada ili o drugoj industrijskoj akciji, donositi odluke u svezi s kolektivnim pregovaranjem i mirnim rješavanjem sporova, imenovati, savjetovati i nadzirati osobe ovlaštene za kolektivno pregovaranje i sklapanje kolektivnog ugovora, te verificirati rezultate pregovora, Izvršni odbor Udruge sastoji se od predsjednika, dva dopredsjednika i četiri člana. Predsjednik, dopredsjednici Izvršnog odbora i glavni direktor HUP-a samostalno zastupaju, predstavljaju i potpisuju Udrugu. Koordinacije Radi zaštite specifičnih interesa članovi Udruge mogu osnovati Koordinacije. Koordinacije se bave pitanjima od zajedničkog interesa za obavljanje, unapređivanje i promoviranje neke djelatnosti unutar Udruge, te se osnivaju radi lakšeg rješavanja određene problematike i razmjene iskustava s određenog područja. Koordinacija dostavlja prijedloge, zaključke i mišljenja drugim tijelima Udruge, a može nastupati i prema vani putem za to ovlaštenih osoba Udruge ili Hrvatske udruge poslodavaca.