Skupština je najviše tijelo koje upravlja radom i poslovanjem Udruge. Čine ju svi članovi Udruge. Redovite sjednice Skupštine održavaju se najmanje jednom godišnje. Ovlasti Skupštine propisane Statutom: donosi Statut, njegove izmjene i dopune imenuje i razrješava predsjednika, dopredsjednika te članove Izvršnog odbora Udruge bira uzaslanike Udruge u Skupštini HUP-a utvrđuje opću politiku rada i djelovanja, te donosi temeljen odrednice za program rada odlučuje o financijskom izvješću i utvrđuje način raspolaganja sredstvima za programsko djelovanje iz proračuna HUP-a razmatra i zauzima stajališta o izvješćima tijela Udruge odlučuje o prestanku rada Udruge donosi Poslovnik o svom radu može osnovati povjerenstva radi rješavanja pojedinih pitanja u skladu s odredbama Statuta Izvršni odbor operativno upravlja radom i poslovanjem Udruge između dvije Skupštine, u skladu s odlukama Skupštine. Među ostalim Izvršni odbor ovlašten je: imenovati i razriješiti dužnosti direktora Udruge nadzirati rad direktora Udruge organizirati i nadzirati rad koordinacija Udruge odlučiti o isključenju iz članstva Udruge donositi odluke u svezi s kolektivnim pregovaranjem i mirnim rješavanjem sporova imenovati, savjetovati i nadzirati osobe ovlaštene za kolektivno pregovaranje i sklapanje kolektivnog ugovora, te verificirati rezultate pregovora prenijeti ovlast za sklapanje kolektivnog ugovora na Hrvatsku udrugu poslodavaca Izvršni odbor Udruge donosi i sve druge odluke koje su mu stavljene u nadležnost Statutom Udruge te ima druge ovlasti koje na njega prenese Skupština. Predsjednik zastupa Udrugu, vodi i nadzire poslovanje, saziva sjednice Skupštine i Izvršnog odbora, te im predsjeda, provodi odluke i zaključke tijela Udruge i odgovoran je za zakonitost rada udruge. Direktor je zaposlenik HUP-a, vodi rad Udruge u skladu s odlukama Vijeća članova i Izvršnog odbora HUP-a, te Skupštine Udruge. Koordinaciju mogu osnovati članovi radi zaštite specifičnih interesa. Čini ju najmanje tri člana Udruge.